La sua sede nazionale è a Roma e vanta una presenza capillare su tutto il territorio nazionale, arrivando ad essere presente in circa 5000 comuni, con sedi regionali, provinciali e zonali.

La Cia ha, inoltre, una rappresentanza presso le istituzioni comunitarie a Bruxelles.

Fondata nel dicembre del 1977 come Confederazione italiana coltivatori (Cic), al suo quinto congresso, nel giugno del 1992, l'Organizzazione, proprio per valorizzare il ruolo moderno dell'agricoltore e della sua impresa, ha modificato la denominazione e ha assunto, appunto, quella di Confederazione italiana agricoltori.

Fanno capo alla Cia associazioni, istituti e società che forniscono alle persone e alle imprese servizi di assistenza previdenziale, sociale, sanitaria, fiscale, tributaria, contrattuale, assicurativa, tecnica, formativa, informatica.
Nell'ambito della Confederazione operano in particolare le associazioni dei pensionati, delle donne agricoltrici e dei giovani agricoltori. Dando vita al "Sistema Cia".

Alla Cia fanno inoltre riferimento una serie di organizzazioni di prodotto, oltre che i Gruppi di Interesse Economico, che operano nell'interesse dei diversi settori agricoli.

La Cia, svolge attività e iniziative nel campo della qualità e della sicurezza e dell'educazione alimentare, della tutela e della valorizzazione dell'ambiente, dell'agriturismo, delle foreste, dell'agricoltura biologica, delle energie alternative, dell'editoria e dell'informazione legislativa agraria.

La Cia firma contratti collettivi di lavoro ed ha rappresentanti nei maggiori organismi istituzionali nazionali, regionali e provinciali.

A livello europeo e internazionale, la Cia è presente nel Copa (Comitato delle organizzazioni professionali agricole dell'Ue) e nell'Oma (Organizzazione mondiale agricoltori).